by Zweitausendeins wurde im Jahr 1969 von Lutz Reinecke und, dem damaligen Geschäftsführer des Verlags Bärmeier & Nikel, Walter Treumann in Frankfurt/Main gegründet. Zweitausendeins war zunächst ein reiner Versandbuchhandel mit Restauflagen von Verlagen und Nachdrucken vergriffener Literatur. 1974 eröffnete man den ersten eigenen Buchladen in Frankfurt, dem bald weitere Filialen in anderen deutschen Städten folgten.
2006 wurde Zweitausendeins von der MK Medien Beteiligungs GmbH übernommen. Der Firmensitz wurde 2011 nach Leipzig verlegt und in den Jahren 2012 bis 2017 wurden nach und nach alle Buchladenfilialen geschlossen. Nach der Insolvenz der Verlagsgruppe Seemann-Henschel 2017 stießen die Verlage E. A. Seemann, der Henschel Verlag und Edition Leipzig durch eine Übernahme zu Zweitausendeins. 2018 kam es zur Wiedereröffnung des Leipziger Zweitausendeins Buchladens.